Per paskutinius 100 metų unikali Baltijos jūros ekosistema buvo smarkiai teršiama organiniais teršalais, todėl buvo suardyta natūrali jos pusiausvira, o pati Baltijos jūra negrįžtamai pasikeitė. Daugiausia teršalų į Baltijos jūrą patenka iš žemės ūkio, pramonės, laivybos, transporto sektoriaus bei dėl netinkamai tvarkomų nuotekų.