Pēdējo 100 gadu laikā Baltijas jūras unikālā ekosistēma kļuvusi par barības vielām pārsātinātu, eitrofu vidi. Galvenais iemesls tam ir organiskā piesārņojuma ieplūšana jūrā. Lielākā daļa piesārņojuma nāk no lauksaimniecības, satiksmes, rūpniecības, notekūdeņiem un kuģošanas.